遗址清理出山门大道、山门大殿、带主殿的多间式大佛殿、带中心佛坛或塔柱的“回”字形佛殿、独栋式僧房、带坐台的僧房或禅室、厨房、讲堂等10余处大型建筑基址，发现并部分复原圆形佛塔的基台、方形大塔的基座和基台。

全部建筑均为在经过整修的自然台地表面起建的土坯建筑，建筑物内、外草拌泥墙面上均粉刷白石灰。地面较粗的混合土垫平，再加工出较坚硬、光洁的地面。部分房间用土坯铺地，有些则铺白石灰地面。

圆形佛塔具有三层方形塔基和覆钵式塔身，与佛典记载的造塔样式完全吻合，可以追溯到12-24世纪的阿姆河流域地区。两座塔均有以土坯包边的巨大基台，方形大塔的基台边长39.96米。Ⅲ、Ⅳ、Ⅶ号等建筑的中心砌土坯台，形成“回”形结构，出土佛像残片，根据同类遗址推断，很可能是带中心塔柱或佛坛的佛殿。其中VII号建筑中心保存有三层方形基座，出土带髭须的佛像、六趾佛脚和印有疑似佉卢文文字的遗物。独栋式僧房明显是当地特有建筑形制。厨房中有两座壁炉，出土用以在食品上模印花纹的印模。厨房旁边室内沿三面墙设坐台的大型方形建筑，推测为讲堂。

覆钵式舍利塔

最为特别的是带主殿的多间式大佛殿，平面长方形，由中心主殿、门房和两端各两个厢房构成，体现出汉传佛教建筑布局特点，结合出土的石膏佛像特征、开元通宝钱币、碳十四测年和相关文献记载综合分析，推断有可能是武则天时期在疏勒镇修建的“大云寺”。

石膏佛像

出土陶、铜、石、木、钱币和石膏佛像等遗物标本和残件约3万件。还采集到大量环境物质、残留物和动植物标本，采用多学科手段，对遗址实施微形态、废弃后再利用、动植物种群、遗物产地和残留物及周边古环境等的综合分析。经鉴定，动物骨骼主要为羊、黄牛和马，植物则有桃、杏、苍耳、大枣、小麦、青稞、葡萄、甜瓜子、黍、粟、大麻、葫芦、顶羽菊以及刺山柑等种类。为复原遗址环境和寺院生活提供了科学依据。

其他出土遗物

通过考古调查、勘探和发掘，确认遗址集中分布于面积约4万平方米，北、西、南三面为陡崖的洪积台地西南部，长约200米，宽近100米，面积近2万平方米，形成主要借助高耸的自然台地而不设围墙的大型地面佛教寺院。

寺院以圆形塔为中心，在北、东、南三面修建各类不同形制、功能但毗连接续的房屋建筑，圆形塔北形成中心广场，方形大塔位于遗址西北端，山门大殿和山门大道位于东南端。形制布局保存基本完整。

发掘表明，莫尔寺遗址是目前我国最西部始建年代最早、延续至唐末、且保存至今的一座大型土建筑地面佛寺遗址，揭示了从佛教初传中国到唐末这一时期大型地面佛寺形制布局和中国化发展演变过程。

莫尔寺遗址既有印度和中亚佛教传统，也有喀什当地特色，还反映了中原文化影响，是三者在我国最西部地区深度融合的首次发现，实证了中原和西域交往交流交融、中央王朝对西域有效治理、人类不同文明交流互鉴，对铸牢中华民族共同体意识具有特殊意义。